Экуменическая направленность является весьма важной характеристикой деятельности Центра. Это и участие в межцерковном диалоге, и реализация совместно с Католической и Евангелической Церквами проектов.

В частности, в последние годы при участии Христианского Образовательного Центра были организованы и проведены такие значительные мероприятия, как:

• Экуменическая конференция Православных, Католических и Евангелических Церквей Европы «Призванные к одной надежде в союзе мира» (октябрь 1996 г.), являвшаяся подготовительным мероприятием к экуменическому конгрессу в Граце.
• Пятые Богословские Собеседования представителей Русской Православной Церкви и Германской Епископской Конференции на тему "Единство и многообразие Церкви" (май 1998 г.).
• Богословские Собеседования с Евангелической Церковью Германии (май 1998 г.).
• Выставка "От Святой Земли – ко всем народам", совместно с Католическим Просветительским Центром «Христианская Россия» (декабрь 1997, февраль 1999).
• Круглый стол с Католической Церковью Беларуси, посвященный 2000-летию Христианства: "Православие и Католичество на Беларуси: прошлое, настоящее и будущее" (ноябрь 1999 г.).
• Визит Председателя Комиссии Католической Епископской Конференции Европы при Европейском союзе епископа Хомайера (январь 1999 г.).
• Совместно с Католической рабочей группой «Schopfungsverantwortung» из Вены в октябре 1999 г. и в мае 2000г. Христианский Образовательный Центр провел ряд семинаров по вопросам христианской экологии, в которых принимали участие православные и католики из Беларуси и Австрии, а также ученые и представители различных общественных экологических организаций Беларуси.
• Центр поддерживает работу Православно-Католической рабочей группы, занимающейся анализом общих проблем церковной жизни православных и католиков в Беларуси. В этой рабочей группе обсуждаются и анализируются вопросы, касающиеся совместных православно-католических браков, совместной социальной работы Церквей, образовательной деятельности и т.д.
• Совместно с Белорусским библейским обществом, Евангелическими и Католическими Церквами Беларуси Христианский Образовательный Центр организовал презентацию перевода на белорусский язык Евангелия от Марка (март 2000 г.).
• Издание календарей-альбомов на 2000 и 2001 годы, в которых представлены шедевры русской иконописи (совместно с итальянским католическим центром «Христианская Россия»).
• Совместные православно-католические акции в Австрии: выставка белорусских художников, посвященная проблематике духовной жизни, а также фотовыставка под названием «Паломничество по русским православным монастырям», совместно с культурным центром ордена иезуитов Австрии и Католической рабочей группой «Schopfungsverantwortung» в Вене (сентябрь 2000 г.).
• Совместно с Евангелической Церковью Германии был проведен ряд семинаров по Христианской педагогике и социальной работе.
• Первый вице-президент Христианского Образовательного Центра является членом рабочей группы Всемирного Совета Церквей по диалогу с пятидесятниками.
• Христианский Образовательный Центр является постоянным участником группы по межконфессиональному диалогу при Немецком Международном образовательном центре IBB-Дортмунд-Минск.

В ближайшее время Христианский Образовательный Центр планирует провести следующие мероприятия:

• В октябре 2000 г. будет подписан договор между двумя факультетами теологии: православным факультетом теологии ЕГУ (г. Минск) и католическим факультетом теологии (г. Фрибург, Швейцария). В дальнейшем предполагается постоянный обмен студентами, преподавателями и совместная научная работа в области богословия, в частности, по богословским вопросам церковной экумены.
• В октябре 2000 года в Минске и Заславле будет проведена христианская экологическая акция «День творения» и Международный семинар Европейской Христианской экологической сети.
• В ноябре 2000 года в Минске состоится международный семинар в рамках христианского межконфессионального диалога «Православие и Европа», который организует Христианский Образовательный Центр им. свв. Мефодия и Кирилла совместно с научной рабочей группой немецкой Епископской Конференции.
• В январе 2001 года Христианский Образовательный Центр им. свв. Мефодия и Кирилла проведёт традиционный Рождественский вечер, на котором состоится презентация календаря-альбома на 2001 год и вручение Рождественских премий лучшим преподавателям года.
• В феврале 2001 г. совместно с католическим диоцезом Бриксен на факультете теологии ЕГУ будет проведен богословский научный семинар, организуемый профессорами Гользером и Даниловым. Католическую делегацию возглавит епископ Эггер, ее участниками будет ряд ведущих католических университетских профессоров Италии.
• В марте 2001 г. состоится совместный студенческий семинар православного факультета теологии ЕГУ (г. Минск) с факультетом католической теологии университета г. Мюнстер. Семинар организуется профессорами Бремером и Даниловым. Первая часть семинара пройдет в г. Минске, а вторая – в г. Мюнстере.
• В феврале 2001 года в Минске Христианский Образовательный Центр организует Международную конференцию совместно с католической Епархией Больцано-Брессаноне по библейскому богословию и христианской экологии.
• В мае 2001 года в Минске будет проведен Международный конгресс «VII Кирилло-Мефодиевские чтения», который организует Христианский Образовательный Центр им. свв. Мефодия и Кирилла совместно с Белорусским университетом культуры.
• Также в мае 2001 года, сразу же после окончания VII Кирилло- Мефодиевских чтений, Христианский Образовательный Центр будет проводить в Минске и Заславле Международный конгресс Христианской Экологической сети.